وتحدث المرزوقي كعادته بكل جرأة عن ملف "الصحراء المغربية"، من خلال حوار نشرته صحيفة "القدس العربي"، الخميس 19 نونبر 2020، حيث أوضح أن "هناك من يتحمل مسؤولية إفشال المشروع المغاربي، وهم من يقفون وراء عمليات البوليساريو الأخيرة، التي لا هدف من ورائها إلا منع أي تقارب أو تحقيق للحلم المغاربي".
وفي السياق ذاته، قال المرزوقي إن "التغيير الذي يحصل في الجزائر بتغيير القيادات وبالحراك وبالديمقراطية، سيأتي بجيل جديد من الحكام تكون لهم الشجاعة والوطنية ليفهموا أن هذه السياسة التي ضيعت علينا أربعين عاماً يجب أن تنتهي، وينبغي علينا اليوم أن ندخل في عملية إيجابية للتقارب بين الشعوب”.
وأكد الرئيس السابق لتونس، أن بناء الاتحاد المغاربي يمر من خلال قبول كل الأطراف بحل المشكل الصحراوي في إطار الحكم الذاتي للصحراء داخل المغرب، موضحا أن "هذا موقفي دائما وأبدا، كنت أسعى خلال فترة حكمي إلى جمع القادة المغاربيين وطلبت منهم الاجتماع في تونس، وقد قبلوا كلهم عدى قادة الجزائر".
وقال المرزوقي:"لا يمكن أن نضحي بمستقبل مائة مليون مغاربي لأجل مئتي ألف صحراوي، في حين إن هؤلاء يجدون أنفسهم معززين ومكرمين داخل اتحاد مغاربي وضمن الحكم الذاتي في الدولة المغربية، نحن نريد توحيد الدول ولا نريد إعادة التقسيم، لأنه إن قبلنا بذلك، فما الذي سيمنع غداً من المطالبة بتقسيم الجزائر أو تونس؟".
من جهة أخرى، أوضح منصف المرزوقي أن حياد كل من دولته تونس وكذا موريتانيا حول ملف الصحراء لم يعد له معنى ولم يعد ممكنا أيضا، إذ أن هذا الأمر يعرقل مستقبل جميع المواطنين المغاربيين، ويقف كحجر عثرة أمام بناء اتحاد المغرب العربي.